Otolog kök hücreler kemik iliğinden ve periferik kandan (çevre kanından/damarlarımızda dolaşan kandan) elde edilebilir. Kemik iliğinden kök hücre toplama nadir başvurulan bir yöntem olup günümüzde otolog nakil için yüksek oranda çevre kanı kök hücreleri kullanılmaktadır.Çevre kanından yani damarlarımızda dolaşan kök hücrelerin toplanabilmesi için öncelikle kemik iliği içindeki kök hücrelerin çevre kanına çıkması gerekmektedir. Bunun için G-CSF isimli bir ilaç uygulanır. İlaç belli bir süre uygulandıktan sonra hastaneye gelmeniz ve kan sayımınızın yapılması gerekir. Kan sayımınızın sonuçları doğrultusunda sizden yeterli kök hücre toplanıp toplanamayacağı konusunda fikir sahibi olunur. Eğer kan sonuçlarınız yeterli hücre toplanabileceği doğrultusunda ise "lökoferez" işlemi sonrasında toplanan kök hücreler nakledilir.Nadir olarak da kemik iliğinden kök hücre toplanması gerekebilmektedir. Bu durumda öncelikle anestezi tarafından değerlendirmeniz gerekir. Ameliyat olmanıza engel bir durumunuz yoksa; ameliyathane şartlarında genel anestezi altında kalça kemiğinden bir miktar ilik toplanır. Toplanan bu hücreler özel bir işleme tabi tutulup dondurulur.