Hastalığın ortaya çıkması insanlık tarihi ile birlikte zamanımızdan yaklaşık 10.000 yıl önce tarımın başladığı Orta Doğu, Mezopotamya, Anadolu topaklarına dayanır. İlk kez Kapadokyalı Aretaeus milattan önce birinci yüzyılda yazdığı kitaplarında çölyak hastalığına benzer tablodan bahsetmiştir. Hastalık öyküsünün nerede ve ne zaman başladığı, buğday ve diğer tahılların insanoğlunun diyetine girdikten sonra olup olmadığı açıklanamamaktadır.Hastalığın bugünkü bilinen şekli ile tanımlanması önce 1887-1888’de İngiliz patolog Samuel Gee ardından hastalık ile glüten arasındaki ilişkinin bulunması Willem - Karel Dicke tarafından 2. Dünya savaşı sırasında (1941-1950) olmuştur.Hastalık 1950'lerde özellikle Avrupa kökenli beyaz ırkta görülmekle beraber 1970’ lerde kanda hastalıkla ilişkili antrikorların saptanması ile dünyanın her yerinde benzer sıklıkla görüldüğü fark edilmiştir. Halen Pasifik Adaları, doğu Çin, Japonya hastalığın nadir görüldüğü alanlardır. Bu durumun beslenme alışkanlıkları ile ilgili olduğu düşünülmektedir.