Crohn hastalığı sindirim sistemini oluşturan yemek borusu , mide , ince ve kalın barsaklardaki bir veya birkaç bölümünü tutabilen , tutulan bölümde kalınlaşma , ülserler oluşturan bir hastalıktır. Barsaktaki kalınlaşma bu bölgelerde darlıkların oluşmasına yol açabilir. Hastalıklı bölgeler birkaç santimetre uzunlukta olabileceği gibi bir metreyi aşan uzunlukta da olabilir. Hastalık en çok "ileum" denilen ince barsakların son kısmını tutmaktadır. Kalın barsak ve anüs bölgesini de sıklıkla tutabilmektedir. Anüs bölgesinde "fissür" denilen çatlaklar ve "fistül" olarak isimlendirilen iltihapın aktığı delikler bulunabilir Crohn hastalığı tutulan bölgeye göre değişik bulgulara yol açabilir. En sık olarak karın ağrısı ve ishal olur. Barsakta ciddi derecede daralmanın oluştuğu hastalarda karında şişkinlik , ağrı , kusma , kabızlık görülebilir. Kalın barsağın tutulduğu hastalarda dışkı ile kan gelmesi de görülebilir. Crohn hastalığının aktif döneminde , hastalar yorgunluk , halsizlik hisseder ve ateşleri olabilir. Anüs çevresinde çatlak , iltihablı akıntı yapan fistüller , apseler hastalığın diğer bulgusudur.