Küçük kemik kistleri sadece takip edilebilirken kemiğin içinde önemli bir yer kaplayan ve kırık riskini arttıran basit kemik kistleri tedavi gerektirir. Tedavi genelde anestezi altında yapılır. Basit kemik kistlerinin içine bir iğne ile girilerek kist sıvısı boşatılır. Kist sıvısının sarımsı berrak olması tanıyı kuvvetlendirir. Daha sonra kist içine radyoopak madde enjekte edilerek basit kemik kistinin tek odalı olduğu ve tüm kiste ulaşılabildiği doğrulanır. Bundan sonra ise kist içine ortopedi uzmanının tercihine göre, steroid, hastadan alınan kemik iliği ya da demineralize kemik matriksinden biri enjekte edilir. Daha büyük ve kırık riskinin çok fazla olduğu basit kemik kistlerinde veya enjeksiyonlara rağmen iyileşme göstermeyen basit kemik kistlerinde küretaj ve greftleme operasyonu uygulanır. Eğer basit kemik kisti, kırıkla beraber başvurduysa internal çivileme uygun vakalarda tercih edilir.