Bazı zamanlar bir anal fistül veya anorektal apse Crohn hastalığının bulunduğunu belirtir. Bu bölgede daha evvel yapılmış bir ameliyat neticesinde de çıkmış olabilir. Bir rektal muayene (proktoskopi ve bir baryumlu incelenme, Yemek Borusunun, Karnın ve bağırsakların Baryumlu Radyografık incelenmesi) yapılabilir. Tedavi fistülün ameliyatla alınması ve apsenin boşaltılmasıdır.