Amipli dizanteri tedavisi güç bir hastalıktır. İyileşmiş gibi görülen bazı vakaların yeniden alevlenmeleri ve bu durumun elli yıl sürmesi mümkündür. “İpekakuanha”dan çıkarılan bir alkaloid olan emetin adlı ilaç, bu hastalıkta kullanılan en etkin ilaçtır. Antibiyotikler belirtileri hemen giderirse de, hastalık bir ay sonra yeniden başlar. Alkol ve fazla besin de hastalığın yenilenmesine yol açar.